义和团事件中，全国各省，主要是华北的直隶、山西，以及内蒙古和东北，普遍发生针对外国人甚至中国基督徒的大规模集体屠杀事件。以下伤亡情况和死亡数字大都根据教会人士的统计，中国官方未有正式史料证实：
据统计，共有241名外国人（天主教传教士53人，新教传教士及其子女共188人，其中儿童53人）、2万多名中国基督徒（天主教18000人，新教5000人）在1900年夏天的屠杀中死亡。
在山西，全省被杀的中国天主教徒计据说有5700余人，新教徒也有数千人，其中以内地会为最多，其他属于公理会，英国浸礼会等。7月9日，在太原巡抚衙门前，巡抚毓贤杀死天主教方济各会传教士12人（意大利籍艾士杰和富格辣2位主教，3位神父、修士，7名修女），新教传教士及其家属子女34人（属于英国浸礼会和寿阳宣教会，其中儿童11人），共计46人。山西是全国仇杀外侨和平居民最多的省份。
在内蒙古，7月19日，清军马队攻进蒙古西南教区主教座堂所在的二十四顷地，村内大批天主教徒被杀，比利时籍的韩默理主教则被 手足合系，贯以竹竿， 然后 以铁索穿肩骨，囚以笼 ，到处游街，7月24日，在托克托城被杀。蒙古东部教区则发生滦平县活埋神甫事件。蒙古中部教区除在西湾子（河北崇礼）主教座堂避难的5000多教友外，绝大部分（3200多人）被杀。
在直隶（河北），由于总督裕禄和臬司廷雍的支持，义和团遍及全省各县，该省大批天主教徒（至今该省仍是中国天主教徒最集中的省份）突然面临死亡的威胁，纷纷在各处天主教徒集聚的村庄筑堡垒顽抗。7月20日，陈泽霖率领的清军攻破景州朱家河村，聚集在该村的3000多天主教徒与两神甫，不分男女老幼，尽戮，是1900年一次性死亡人数最多的屠杀事件。朱家河所在的50575名教徒，死亡了5153人，只有献县张庄耶稣圣心主教座堂幸存。保定附近的东闾村集中了9000名天主教徒在此避难，由于击退了4万名义和团的进攻，战后成为北方著名的圣母朝圣地和中国天主教信徒最集中的一个村落。
在奉天（辽宁）被杀的天主教徒有1400多人，其中有1名主教，10名神甫。
在浙江的衢台二州，也发生了集体屠杀事件。湖南衡州和陕西，也发生主教神甫被杀事件。在山东、河南，教堂被毁者占十之七八。
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